Generalità discordanti

Si chiede come poter sanare questa situazione: un cittadino tunisino nato in Italia nel 2001 e l'atto è stato registrato nel Comune di xxxxx, presenta sull'atto di nascita il patronimico. Nel 2017 la madre ha presentato una richiesta nel comune dove attualmente risiedono (yyyyyyyy) tramite la quale l'ufficiale dell'anagrafe ha tolto il patronimico non inviando la proposta di annotazione sull'atto di nascita al comune di nascita (xxxxxx). Questo cittadino ha ottenuto la cittadinanza italiana compiuti 18 anni nel 2019 con decreto del Sindaco. Il problema sorge poichè al comune di residenza lo stesso risulta non avere il patronimico mentre nel comune di nascita risulta comparire con il patronimico ed in modo particolare nell'estratto di nascita compare il patronimico e l'annotazione della cittadinanza senza lo stesso (patronimico). Tra l'altro non si è recuperato il documento tramite il quale il funzionario aveva eliminato il patronimico senza darne comunicazione al Comune di registrazione dell'atto di nascita.
Come è possibile sanare questa situazione? Come può intervenire l'ufficiale dello stato civile del comune di nascita? Come può intervenire l'ufficiale d'anagrafe del Comune di residenza?