IVA e servizi di accoglienza

Questo Ente ha selezionato il soggetto attuatore per l'affidamento, in prosecuzione, delle attività relativi ai servizi di accoglienza, integrazione e tutela richiedenti asilo in ambito SPRAR/SIPROIMI mediante procedura aperta sotto soglia ai sensi degli articoli 60 e 35 del D. Lgs. 50/2016 e per un determinato importo IVA inclusa se dovuta. Essendo l'aggiudicatario una cooperativa sociale è stato richiesta la fatturazione dell'IVA al 5%.
La stessa sostiene che risulterebbe assolutamente illegittimo applicare sull´importo a base d´asta l´Iva sulla fatturazione considerate le numerose voci di spesa che non possono essere in alcun modo assoggettate ad Iva in quanto trattasi di contributi erogati direttamente agli ospiti e che rappresentano esclusivamente un mero rimborso (a titolo esemplificativo Pocket money, contributi all´uscita, contributi per tirocini formativi, erogazione Gift card per il vestiario, Pocket food per l´acquisto di prodotti alimentari).
Sostiene altresì l'esenzione dell´aggiudicatario dall´imposta di bollo e registro quale soggetto onlus di diritto ai sensi di legge.
Si chiede un parere in merito.